違法。公司通過扣除職工部分工資的方式發(fā)放年終獎是屬于克扣工資的行為，違反勞動法的規(guī)定。

　　《中華人民共和國勞動法》第五十條　工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。

　　《勞動法》第五十條規(guī)定：“不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。”《工資支付暫行規(guī)定》也明確規(guī)定：“用人單位不得克扣勞動者工資?！备鶕?jù)以上規(guī)定，在一般情況下，用人單位不得扣發(fā)勞動者的工資，否則即侵犯了勞動者獲取勞動報酬的權利。

　　但是，這并不是說用人單位就不能扣發(fā)勞動者的工資。根據(jù)《工資支付暫行規(guī)定》第十六條：“因勞動者本人原因給用人單位造成經(jīng)濟損失的，用人單位可按照勞動者合同的約定要求其賠償經(jīng)濟損失，經(jīng)濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%.若扣除后的剩余工資部分低于當?shù)卦伦畹凸べY標準，則按最低工資標準支付?！币虼?，職工工作失誤對單位造成損失可扣發(fā)工資，但必須按上述規(guī)定扣發(fā)，不能扣發(fā)勞動者的全部工資。

　　年終獎是“工資總額”中的一部分，但較為靈活，一般來說是否發(fā)放年終獎屬于用人單位的管理自主權，用人單位可以決定是否發(fā)放及發(fā)放金額，除非另有約定或規(guī)定。

　　目前企業(yè)發(fā)放年終獎的形式很多，不僅有現(xiàn)金，也有實物，甚至是旅游等替代性的福利，這里討論的只是現(xiàn)金形式的年終獎，大概可分為三種：一種是有明確約定的，發(fā)放金額固定或獎金發(fā)放規(guī)則在勞動合同等文件中有載明的，諸如年薪制；第二種是有規(guī)章制度規(guī)定的，是有明確規(guī)則的，通過綜合計算企業(yè)效益、部門績效、個人績效等方法計算得出年終獎數(shù)額，大公司往往基于管理標準統(tǒng)一的需要而采取這類，諸如年終績效；還有一種屬合同及制度都沒有明確約定的，給不給，給多少，完全取決于老板，多見于中小企業(yè)，諸如“發(fā)紅包”。

　　以上就是小編為大家整理的關于通過扣工資發(fā)年終獎違法嗎的相關內(nèi)容，希望對您有所幫助。勞動者可以去勞動保障行政部門舉報，對于用人單位有克扣或者無故拖欠勞動者工資報酬行為的，由勞動保障行政部門分別責令限期支付勞動者的工資報酬、勞動者工資低于當?shù)刈畹凸べY標準的差額或者解除勞動合同的經(jīng)濟補償。大家如果還有其他法律問題，歡迎上咨詢平臺，在線律師會為大家進行專業(yè)的解答。